Birincili baş ağrıları kateqoriyasına daxil olan digər vəziyyətlər (məsələn, nöqtəvi baş ağrısı, hipnik baş ağrısı və digər növlər) çox vaxt nadir hallarda rast gəlinir və xüsusi diaqnostik yanaşma tələb edir. Hər bir növ üçün müalicə protokolları müxtəlif ola bilər.
Birincili baş ağrılarının müalicəsi ilk növbədə dəqiq diaqnozun təyin olunmasına əsaslanır. Həkim anamnez, nevroloji baxış, baş-beyin görüntüləmə və digər zəruri laborator və funksional testləri tətbiq edərək ağrının tipini müəyyən edir.
Sonra ağrıların qarşısını almaq üçün müvafiq müalicə təyin olunur. Hər bir halda dərman seçimi ağrının patofizyoloji mexanizminə və xəstənin fərdi xüsusiyyətlərinə əsaslanır.
Qeyri‑dərman müalicə üsulları (relaksasiya, davranış terapiyası, bio-feedback, fizioterapiya və s.) geniş şəkildə istifadə olunan tamamlayıcı metodlardır və ağrının tezliyini və şiddətini azaltmağa kömək edə bilər.